Esordisce come violinista barocco e violino di spalla dell'Accademia Bizantina di Ravenna, con la quale effettua tournée in tutto il mondo. Collabora con i maggiori esponenti della musica antica, in particolare con Cristhophe Rousset, con la "Kammerorchester Basel", con il "Concerto Koln" in veste di Konzertmeister e direttore. Successivamente si apre al repertorio dell’opera italiana sette-ottocentesca con numerosi inviti a dirigere nei teatri di tradizione come il Teatro Donizetti di Bergamo, che guida anche in tournée in Giappone, il Teatro Coccia di Novara, il Teatro Sociale di Mantova, l’Opéra de Lyon. Stefano Montanari ha avviato un progetto europeo per la riscoperta di opere ottocentesche con la Hochschule di Berna.