Václav Luks ha iniziato i suoi studi al Conservatorio di Pilsen e all'Academy of Performing Arts di Praga (studiando corno e clavicembalo). Ha poi proseguito i suoi studi con ricerche specialistiche sulla musica antica presso la Schola Cantorum Basiliensis di Basilea. Durante i suoi studi a Basilea e negli anni successivi, ha tenuto concerti in tutta Europa e oltreoceano (Stati Uniti, Messico, Giappone) come cornista solista dell'Akademie für Alte Musik di Berlino.
Dopo essere tornato dall'estero nel 2005, ha trasformato il Collegium 1704 da un ensemble di musica da camera in un'orchestra barocca, e ha fondato il Collegium Vocale 1704. Il primo progetto avviato da Václav Luks per la loro fondazione fu un progetto intitolato "Bach - Praga - 2005" che presentava le principali opere vocali di J.S. Bach. Questo progetto segna l'inizio della collaborazione in residenza con il Prague International Music Festival. Con Václav Luks, il Collegium 1704 si è rapidamente affermato come gruppo dedicato all'esecuzione della musica dei secoli XVII e XVIII, e con i suoi progetti internazionali, Luks ha giocato un ruolo importante nella rinascita della musica dei compositori boemi Jan Dismas Zelenka e Josef Mysliveček. Nel 2008, ha fondato la fortunata serie di concerti Music Bridge Prague - Dresden.
Oltre a lavorare intensamente con il Collegium 1704, collabora anche con altri rinomati ensemble, come La Cetra Barockorchester Basel, Dresdner Kammerchor o Nederlandse Bachvereniging. Václav Luks ha realizzato sia registrazioni orchestrali che soliste per le etichette ACCENT, Supraphon e Zig-Zag Territoires, ed è stato invitato a partecipare a giurie di concorsi internazionali (Johann Heinrich Schmelzer Wettbewerb Melk, Concorso Internazionale di Musica di Primavera di Praga, Bach-Wettbewerb Leipzig).
I recenti impegni di Václav Luks, con i suoi ensemble, lo hanno portato al Salzburger Festspiele, Berliner Philharmonie, Theater an der Wien, Konzerthaus Wien, Concertgebouw Amsterdam, Wigmore Hall, Versailles, Lucerner Festival, Chopin Festival e prestigiose residenze al Utrecht Early Music Festival e Bachfest Leipzig. All'Opernhaus di Kiel ha recentemente diretto Scylla et Glaucus di Leclair.