Greco di origine, Yannis Kokkos vive in Francia dal 1963, dove ha compiuto studi in scenografia allEcole Supérieure dArt Dramatique di Strasburgo. Esordisce come scenografo e costumista collaborando, a partire dal 1969, con il regista Antoine Vitez, delle cui regie ha curato scene e costumi creando spazi incantati e astratti, colmi di vuoti e d'ombre e privi di ornamenti, capaci di evocare gli ambienti naturali mediante l'immaginazione dello spettatore. Insieme hanno realizzato numerosi spettacoli alla Comédie Française, al Festival di Avignone, al Piccolo Teatro di Milano e al Théâtre de Chaillot (dal 1981 al 1988). La sua attività di scenografo per il teatro dopera lo ha visto impegnato nellallestimento di lavori quali Macbeth allOpéra di Parigi, Pelléas et Mélisande al Teatro alla Scala, a Vienna ed al Covent Garden, La voix humaine al Théâtre du Châtelet, Die Zauberflöte alla Staatsoper di Vienna, Don Carlo al Teatro Comunale di Bologna, Elektra al Grand Théâtre di Ginevra e a San Francisco. Per il balletto, Yannis Kokkos ha firmato scene e costumi di Undine e LOdysée allOpera di Amburgo, Sylvia al Palais Garnier per le coreografie di Neumeier.

A partire dal 1987 Yannis Kokkos inizia a dedicarsi anche alla regia, alternando spettacoli di teatro drammatico a produzioni dopera lirica e di teatro musicale. Fra queste ricordiamo Boris Godunov a Bologna e allOpéra Bastille; Oresteïa di Xénakis al Festival di Gibellina; Ariane et Barbe-bleue di Paul Dukas,  Die Vögel,  Hänsel und Gretel e Les Troyens a Ginevra; La damnation de Faust  al Théâtre du Châtelet; Death in Venice a Nancy e a Liegi; Iphigénie e La Thébaïde di Racine alla Comédie Française;Carmen, Tosca e Don Giovanni al Festival Chorégies dOrange; Tristan und Isolde alla Welsh National Opera di Cardiff e al Covent Garden; Salomé, Pelléas et Mélisande e Les Rois, nuova opera di Philippe Fénelon, a Bordeaux;  Zelmira al Rossini Opera Festival di Pesaro; Alceste e La dame de pique alla Scottish Opera; Norma allOpéra Bastille; Tristes tropiques di George Aperghis in scena a Strasburgo in prima assoluta; Elektra a Lione; Hänsel und Gretel, Medée, Outis di Berio e Les Troyens di Berlioz al Théâtre du Châtelet di Parigi; Der Fliegende Holländer a Bologna, Napoli, Atene e Siviglia; Pelléas et Mélisande, Médée, Cavalerria Rusticana e Pagliacci al Théâtre du Capitole di Toulouse; Dido and Aeneas,  Iphigénie en Aulide, Turandot e Giulio Cesare a Nancy;  Re Ruggero e Medée al Teatro Massimo di Palermo.

Di rilievo la collaborazione con il Teatro alla Scala, dove ha curato la regia della nuova produzione della Gotterdämmerung diretta da Riccardo Muti e dove è tornato per firmare Assassinio nella cattedrale, Norma, Iphigénie en Aulide e Der Fliegende Holländer; sono seguiti Semele alla Scottish Opera di Glasgow;  Tristan und Isolde a Bruxelles e Atene; Tancredi al Teatro Real di Madrid e Siviglia; Nabucco a Monaco e Valencia; Iphigénie en Aulide al Teatro dellOpera di Roma; Tancredi al Teatro Regio di Torino; Die Frau ohne Schatten al Teatro del Maggio Musicale di Firenze; Giulio Cesare in Egitto a Bilbao; Don Quichotte, Les Troyen, Samson et Dalila a San Pietroburgo; Les Troyens ed Edimburgo; Lucia di Lammermoor e Don Giovanni a Pechino. Ha ricevuto il plauso di pubblico e critica per la sua regia di Edipo a Colono di Sofocle andato in scena a Siracusa  e a Epidauro e per la sua regia di Elektra ad Atene in occasione dellinaugurazione Stavros Niarchos Foundation Cultural Center alla Greek National Opera, a questi sono seguiti Tristan und Isolde al Petruzzelli di Bari, Le Rossignol  e Jolanta al New Nationa Theatre di Tokio; Enrico IV di Pirandello in Sicilia e in tournée in Italia. Una grande mostra "scènes de Yannis Kokkos" è stata appena dedicata al suo lavoro presso il Centro Nationale per il Costume e la Scenografia (CNCS) in Francia. In questa occasione viene pubblicato il libro da lui scritto "Scènes" edito da Actes/Sud. 

Prossimi impegni prevedono La Forza del Destino al Teatro Regio di Parma.

Nel 1986 Yannis Kokkos ha ottenuto il Prix du Syndacat de la Critique per la scenografia di Elektra e, nel 1987, due Molières per lallestimento dellEchange e i costumi di Madame de Sade, nonché la Medaglia doro della Quadriennale della Scenografia di Praga per la carriera. La produzione della Clemenza di Tito, di cui ha curato regia e scene per lOpéra Bordeaux e per la Welsh National Opera, nel 1998 ha ricevuto il Premio Laurence Olivier come migliore spettacolo lirico.