Nato in Brasile da una famiglia di musicisti viennesi, parente del compositore Arnold Schoenberg e del direttore d’orchestra Arthur Bodanzky, John Neschling ha studiato a Vienna con Hans Swarowsky specializzandosi poi in Europa e America con Leonard Bernstein e Bruno Maderna.
Fin dagli esordi della sua carriera, che inizia in giovanissima età, collabora con orchestre quali la Vienna Symphony, London Symphony, Tonhalle Zürich, Warsaw Philharmonic, Pittsburgh Symphony, l’Orchestra Nazionale di Santa Cecilia a Roma. Apprezzato interprete del repertorio operistico ha diretto in prestigiosi teatri quali: Vienna State Opera, Deutsche Oper Berlin, Teatro San Carlo di Napoli, Arena di Verona, Opernhaus di Zurigo, Washington Opera solo per citarne alcuni. È stato direttore musicale del Teatro Nacional de São Carlos a Lisbona, all’Opera di St. Gallen in Svizzera, al Teatro Massimo di Palermo e dell’ Orchestre National de Bordeaux in Francia, mentre nel suo paese d’origine ha diretto i teatri d’opera di Rio de Janeiro e São Paulo.
Nel 1997 assume la direzione musicale dell’ Orquestra Sinfonica do Estado di São Paulo, rimanendone a capo fino al 2009. Sotto la sua direzione l’orchestra si afferma come la più importante orchestra sinfonica dell’America Latina, protagonista di tournée in America ed Europa, e di oltre 30 incisioni riconosciute della critica internazionale che le premia con il Diapason d’Or e Diapason d’Or de l’Année. Nel 2011 decide di rientrare in Europa dirigendo concerti e titoli operistici nei teatri in Italia, Francia, Svizzera, Spagna, Belgio e Polonia. Nel 2012 viene nuovamente invitato dal governo del suo Paese ad assumere la direzione musicale e artistica del Teatro Municipal di Sao Paulo, così a gennaio 2013 riprende il suo impegno nel suo paese continuando senza però abbandonare la dimensione internazionale.
Dal 2017 in avanti John Neschling è direttore ospite di importanti compagini quali Maggio Musicale Fiorentino, St. Petersburg Philarmonic, la Filarmonica del Teatro La Fenice di Venezia, l’ Orchestra Verdi di Milano ed è stato invitato dal Teatro Lirico di Cagliari ad inaugurare la stagione 2019 dirigendo la prima italiana de Lo Schiavo di Carlos Gomes, autore del quale ha inciso per Sony Classical l’opera Il Guarany con Placido Domingo nel ruolo del titolo.
 Il M° Neschling sta inoltre incidendo con Orchestre Philharmonique Royal de Liège una serie di cd dedicati all’opera sinfonica di Ottorino Respighi.